Ο Σεβ. Μητροπολίτης Μεσογαίας και Λαυρεωτικής κ. Νικόλαος γεννήθηκε στην Θεσσαλονίκη το 1954. Είναι απόφοιτος του τμήματος Φυσικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.

Μετά την ολοκλήρωση των στρατιωτικών του υποχρεώσεων μετέβη στις Η. Π. Α, όπου και συνέχισε τις μεταπτυχιακές σπουδές του στην Αστροφυσική (Πανεπιστήμιο Harvard), την Μηχανολογία και την Βιοϊατρική Τεχνολογία (Τεχνολογικό Ινστιτούτο της Μασαχουσέτης, ΜΙΤ).

Ακολούθως, και παράλληλα προς την επιστημονική του έρευνα, σπούδασε την επιστήμη της Θεολογίας στην Θεολογική Σχολή του Τιμίου Σταυρού στην Βοστόνη, από όπου και έλαβε τους τίτλους Master of Theological Studies και Master of Theology.

Το 1989 επέστρεψε στην Ελλάδα, εγκατεβίωσεν επί διετία και πλέον στο Άγιο Όρος, εκάρη δε μοναχός στην Ιερά Μονή Στομίου Κόνιτσας και εν συνεχεία χειροτονήθηκε διάκονος και πρεσβύτερος.
Από τον Μάιο του 1990 μέχρι και την χειροτονία του σε Μητροπολίτη το 2004, διακόνησε ως οικονόμος στο εν Αθήναις Ιερόν Μετόχιο της Αναλήψεως, της Ιεράς Μονής Σίμωνος Πέτρας του Αγίου Όρους.

Το 2003 αναγορεύθηκε διδάκτωρ της Θεολογίας στον τομέα της Χριστιανικής Ηθικής και Κοινωνιολογίας (Βιοηθικής) στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο της Θεσσαλονίκης, από δε το 1991 και εντεύθεν διδάσκει πανεπιστημιακά μαθήματα ιατρικού, βιοηθικού και θεολογικού περιεχομένου στις Ιατρικές Σχολές των Πανεπιστημίων Κρήτης και Αθηνών, καθώς και στην Θεολογική Σχολή Balamand του Λιβάνου.

Το 1993, ίδρυσε το πρώτο στην Ελλάδα Κέντρο Βιοϊατρικής Ηθικής και Δεοντολογίας, από το 1998 είναι πρόεδρος της Ειδικής Επιτροπής επί της Βιοηθικής της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος, είναι μέλος του Εθνικού Οργανισμού Μεταμοσχεύσεων, μέλος της Επιτροπής Βιοηθικής της Διακοινοβουλευτικής Συνέλευσης Ορθοδόξων και επίσημος εκπρόσωπος της Εκκλησίας της Ελλάδος σε πολυάριθμες διεθνείς επιτροπές, συνέδρια και εκδηλώσεις.

Ο Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης πρ. Μεσογαίας και Λαυρεωτικής κ. Αγαθόνικος, κατά κόσμον Αριστοτέλης Φιλιππότης, γεννήθηκε στις 17/30 Ιανουαρίου 1918 στον Πύργο της Τήνου. Γόνος της οικογενείας των γνωστών Τηνίων καλλιτεχνών, είναι ένα από τα οκτώ παιδιά του Ευστρατίου και της Σοφίας Φιλιππότη.

Ανατρέχοντας στο γενεαλογικό δέντρο της οικογένειας Φιλιππότη φθάνουμε στον Δημήτριο, ο οποίος έφερε στον κόσμο δύο παιδιά, τον Ζαχαρία (γεν. 1795) και τον Ιωάννη (γεν. 1809). Ο Ζαχαρίας Δ. Φιλιππότης γέννησε τρεις γιούς, τον Δημήτριο (1834 -1919), τον Γεώργιο (1841) και τον Αντώνιο (γεν. 1842). Ο Γεώργιος Ζ. Φιλιππότης απέκτησε τρεις γιούς, τον Ζαχαρία (1868 – 1894), τον Δημήτριο (1878 – 1953) και τον Ευστράτιο (1876 – 1940). Ο τελευταίος, ο Ευστράτιος Φιλιππότης, έκανε οκτώ παιδιά, τον Γεώργιο, τον Ιωάννη, τον Αυγουστὴ, τον Ζαχαρία, τον Αριστοτέλη (Αγαθόνικο), την Άννα, τη Μαρούλα και την Όλγα.

Ο Αριστοτέλης τελείωσε το Δημοτικό Σχολείο στον Πύργο της Τήνου και τις δύο πρώτες τάξεις του Γυμνασίου στην Χώρα της Τήνου.
Ο εφημέριος της γενέτειράς του, π. Κωνσταντίνος Αλεξόπουλος, ήταν ο πρώτος πνευματικός του, από τον οποίο έλαβε και την Συμμαρτυρία. Ο π. Κωνσταντίνος ήταν υπόδειγμα ιερέως παραδοσιακός, λίαν φιλακόλουθος αλλά και μουσικολογιώτατος ήταν εκείνος που ενεφύσησε την αγάπη προς την λατρεία της Εκκλησίας και δίδαξε την τέχνη της βυζαντινής μουσικής στον Αριστοτέλη.
Τὸ 1934, σε ηλικία δεκαέξι ετών εισήχθη στην Ιερατική Σχολή Κορίνθου, όπου εφοίτησε μέχρι το 1938. Εκεί συνεδέθη στενώς με τον τότε Μητροπολίτη Κορίνθου και μετέπειτα Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και Αντιβασιλέα κυρό Δαμασκηνό Παπανδρέου. Επίσης εκεί γνωρίστηκε με τον τεταρτοετή τότε φοιτητή Βησσαρίωνα Τίκα, τον μετέπειτα Αρχιεπίσκοπο Αθηνών κυρό Σεραφείμ.

Το 1938 μετενεγράφη στην Ιερατική Σχολή Άρτης απ’ όπου και απεφοίτησε το 1939. Στην συνέχεια ενεγράφη στην Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, απ όπου και απεφοίτησε το 19508, ενώ μέχρι την χειροτονία του εργαζόταν ως νεωκόρος στον Ἱ. Ναό του Αγίου Βασιλείου οδού Μετσόβου, στο κέντρο των Αθηνών.
Στὶς 21 Φεβρουαρίου 1942, Σάββατο της Α΄ Εβδομάδος των Νηστειών, εκάρη μοναχός στον Ι. Ναό Αγίας Ζώνης Κυψέλης Αθηνών από τον τότε εφημέριο του Ναού, Βατοπαιδινό ιερομόναχο Αμφιλόχιο, ο οποίος καταγόταν από την Σμύρνη της Μικράς Ασίας. Κατά την κουρά έλαβε το άνομα Αγαθόνικος προς τιμήν του Μητροπολίτου Καλαβρύτων κυρού Αγαθονίκου. Ενεγράφη στο μοναχολόγιο της Ι. Μονής Παναχράντου Άνδρου.
Την επομένη, 22 Φεβρουαρίου 1942, Κυριακή της Ορθοδοξίας, χειροτονήθηκε διάκονος από τον Μητροπολίτη Σύρου κυρό Φιλάρετο στον Ιερό Ναό Αγίου Βασιλείου οδού Μετσόβου και τοποθετήθηκε στον ίδιο Ναό. Εκεί διηκόνησε επτά συναπτά έτη, έχοντας την αμέριστη βοήθεια του προϊσταμένου του Ναού π. Θωμά Παπαγιανόπουλου εκ Πατρών.

Το 1946 άλλαξε ο προϊστάμενος του Ιερού Ναού και ανέλαβε ο αρχιμανδρίτης π. Δαμασκηνός Παπαχρήστου, ο οποίος αργότερα χειροτονήθηκε Μητροπολίτης Φθιώτιδος.
Την Κυριακή της Ορθοδοξίας, 21 Φεβρουαρίου του 19508, χειροτονήθηκε πρεσβύτερος, κατόπιν ευλογίας του Αρχιεπισκόπου Δαμασκηνού, πάλι από τον Μητροπολίτη Σύρου κυρό Φιλάρετο. «Φωνή κλήρου και λαού» παρέμεινε και ως  εφημέριος στον ίδιο Ναό. Στις 30 Αυγούστου 1949 έλαβε το οφίκιο του Αρχιμανδρίτου.
Τον Οκτώβριο του 1949 επιστρατεύεται ως στρατιωτικός ιερεύς, θέση στην οποία και υπηρέτησε για διάστημα σαράντα τριών μηνών. Διηκόνησε ως ιερατικός υπεύθυνος Ταξιαρχίας με τον βαθμό του υπολοχαγού στη Σιάτιστα – Καστοριά, στην περιοχή του Κιλκίς με έδρα το Νέο Πετρίτσι, καθώς και στον Λαχανά.

Το 1951 μετετέθη στην Μακρόνησο, όπου παρέμεινε έως τον Μάιο του 1953, οπότε και επέστρεψε στην οργανική του θέση.
Το 1960 προσεκλήθη από τον τότε νεοεκλεγέντα, τον Μάιο του 1960, Μητροπολίτη Φθιώτιδος κυρό Δαμασκηνό, για να αναλάβει την Πρωτοσυγκελλία της εν λόγῳ Μητροπόλεως. Εγκατεστάθη στην Λαμία στις 6 Αυγούστου του 1960.
Μετά από δεκαπέντε έτη διακονίας στην Μητρόπολη Φθιώτιδος, εξελέγη στις 18 Μαΐου του 1974 πρώτος Μητροπολίτης της νεοσύστατης Μητροπόλεως Μεσογαίας και Λαυρεωτικής και στις 24 Μαΐου έφθασε στην Αθήνα, για να δώσει το Μεγάλο Μήνυμα.
Την Κυριακή, 26 Μαΐου 1974, χειροτονήθηκε Επίσκοπος στον Ιερό Ναό Αγίου Σπυρίδωνος Αιγάλεω από τούς Μητροπολίτες Φθιώτιδος κυρό Δαμασκηνό, Μαντινείας και Κυνουρίας κυρό Θεόκλητο, Λήμνου και Αγίου Ευστρατίου κυρό Παντελεήμονα και Περιστερίου κυρό Αλέξανδρο.

Στις 16 Ιουνίου 1974 ενθρονίστηκε με λαμπρότητα στον Ιερό Μητροπολιτικό και Καθεδρικό Ναό Κοιμήσεως Θεοτόκου Σπάτων.
Μετά από τριάντα χρόνια θεοφιλούς ποιμαντορίας παραιτήθηκε οικειοθελώς στις 31 Μαρτίου 2004, Σάββατο του Λαζάρου. Παρέδωσε στον διάδοχό του, δεύτερο κατά σειρά Μητροπολίτη της Ιεράς Μητροπόλεως, κ. Νικόλαο κατά την ενθρόνιση του στις 26 Ιουνίου 2004.

Εκοιμήθη σε ηλικία 97 ετών την 1ην Σεπτεβρίου 2015.